Территория Греции крайне раздроблена, имеет большое количество экосистем. Почти 5 % всей береговой линии Греции занимают экологически-чувствительные водно-болотные территории. Две трети всего населения Греции живет не далее 2 км от берега, где расположены крупнейшие города страны. Также большие туристические потоки направлены на обширное побережье Греции. Все это создает огромную нагрузку на экосистемы региона, и для поддержки экологического баланса в особо хрупких экосистемах создаются охраняемы территории: национальные парки, леса, заказники и заповедники.

Национальные парки Греции:

• Национальный парк Олимп (Εθνικός δρυμός Ολύμπου)
• Национальный парк Парнита (Εθνικός δρυμός Πάρνηθας)
• Национальный парк Парнас (Εθνικός δρυμός Παρνασσού)
• Национальный парк Энос-Кефалиния (Εθνικός δρυμός Αίνου Κεφαλληνίας)
• Национальный парк Сунион (Εθνικός δρυμός Σουνίου)
• Национальный парк Ити (Εθνικός δρυμός Οίτης)
• Национальный парк Лефка-Ори (Самария) (Εθνικός δρυμός Λευκών Ορέων (Σαμαριάς))
• Национальный парк Пинд (Εθνικός δρυμός Πίνδου)
• Национальный парк Преспа (Εθνικός δρυμός Πρεσπών)
• Национальный парк Викос-Аоос (Εθνικός δρυμός Βίκου Αώου)
• Национальный парк Ваи

Также существует особо охраняемая территория Лес-Дасия (Δάσος Δαδιάς) в устье реки Эврос во Фракии.