Пигментация воды — содержание взвесей в речной воде, придающее ей определённую окраску. В лимнологии выделяются следующие виды окраски речной воды: прозрачная (отсутствие пигментации — как правило у горных и высокогорных рек, питаемых талыми водами, текущими в граните или базальте), жёлтая (жёлто-красная) — у равнинных рек и особенно пустынных рек, несущих большое количество песка, глины и прочих взвесей органического происхождения (например, нижние течения Тарима в Китае или Кубани в России). Помимо этих двух, встречается также тёмный окрас речной воды, что особенно характерно для рек протекающих в местности с густой древесной растительностью (например, в джунглях). Ярким примером является р. Риу-Негру в Бразилии и некоторые более мелкие реки юго-востока США. В Японии в рыболовном хозяйстве распространена определённая шкала для описания пигментации воды «от карпа до форели», поскольку карп водится только в мутной воде, а форель только в прозрачной.