Задолго до появления в Сибири русских, территорию современной Томской области населяли люди, относящиеся к Кулайской таёжной цивилизации, известной своими бронзовыми артефактами.

Развитие территории области началось в конце XVI — начале XVII веков. Старейшим населённым пунктом области является село (ранее город) Нарым, основанный в 1596 году.

Административный центр области, г. Томск, был основан в 1604 году. C 1719 года по 1804 год в составе Тобольской губернии. В 1782 году образована Томская область в составе Тобольского наместничества (с 1796 — Тобольская губерния). В 1804 году была образована Томская губерния, существовавшая до 1925 года, когда она вошла в состав Сибирского края (с 1930 года — Западно-Сибирский край). Томская область была образована 13 августа 1944 года путём выделения из Новосибирской области части районов и бывшего Нарымского округа. 26 июля 1995 года принят Устав Томской области.